二十五年前，一个成年人带着一少年在下着大雨的午夜，把一个婴儿放到了一个孤儿院里。然后就消失不见。二十五年之后，当初的那个婴儿长大成人，而且成为了具有通灵法术的人，俗称‘阴阳师’。他生来就具有阴阳眼，专门做一些捉鬼驱魔的事情。他的身世只是一个谜，就连他自己也不知道的身世，父母是谁。任何人都无法算他的过去和未来。在他帮着一个女警察调查了一个校园闹鬼事件的幕后秘密，和朋友一起去解决了宋朝时期的女尸，大战会使用邪术的厉鬼。和一些人去了一个从来没有人去过的地方之后。直到在危难关头，被一个人救了。那人竟然称是他的亲哥哥，告诉了有关他所有的身世之谜。但在这之后又出现更大的谜团和冒险等着他……