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将教育和科技的事情安顿下来之后，摆在项玉眼前的还有一个行政体系的问题，明朝时朱元璋废除了丞相制，中央采取内阁制、六科给事中以六部（吏、户、礼、兵、刑、工）分担行政权，到了永乐朱棣时期，
兵制：五军都督府
五军都督府为：中军、左军、右军、前军、后军五都督府。
地方上：西南地区采取“改土归流”的流官制。其他是行省制度。
布政使一省之民事财务总管。
按察使一省之司法掌握者。
都指挥使一省之兵权掌握者。
总督始于明代。
既然如此，那么项玉眼下在基隆的职位大约相当于一个地方的都指挥使，或者有点类似于总督，拥有一定的行政权。
明朝的制度并不是不能沿用，虽然有一定的局限性，后世西方资本主义的君主立宪制和三权分立制度都比较好，但是目前的中国仍然处于传统意义上的封建社会，资本主义还没有发展起来，制度必须与实际结合，不能因为西方的这些制度比较好就可也直接搬照来用，尽管这两种制度目前都还没有出现。
但是由于明朝此时实际上已经灭亡了，再打着明朝的旗号延续明朝的意义并不大，因为基隆城里面的百姓都是在台湾生活了比较长时间了，他们对于明朝的感情已经很淡了，况且清军入关已经将近二十年，南明朝廷也已经早就覆灭了，打着明朝的旗帜也不能够获得很大的支持，反而会碍手碍脚，束缚住项玉的行动。
所以项玉想要摆脱这一局面，就必须改变眼下身上背负的明军将领的称谓，这件事情也不能操之过急，以免引起一些士兵和民众的误解。
这些事情都要和陈永华进行商议，陈永华才智过人，也不是一个愚忠之人，这些事征求他的意见并不会让他觉得为难，实际上陈永华早先就劝过郑家父子，让他们另立旗帜，不要再受到南明朝廷的制约，不过后来随着隆武帝的投降，郑成功实际上已经没有掣肘之患了，而且考虑到要收揽人心所以就没有采取他的建议。
因此这个时候项玉向他征求看法的时候，陈永华自然没有表现出来特别反对，不过他考虑的要比项玉更加全面，他建议项玉先不妨从小事入手，加以改变，看看众将领和百姓们的反应，比如在基隆城里面不设置向明朝那样的州一级的官员了，而是按照项玉心中的想法另设职位。
这一点项玉也早有想法，他打算在基隆市施行市长制度，设立市长一职为一市最大的官员，下面分设几个副市长来分别负责不同的领域，不过眼下基隆城还不大，管理起来也不是那么复杂，所以副市长不需要那么多，免得引来了臃肿的官僚体系。