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异形战士专属建筑有一个独有的体系，巢穴在这个建筑体系中不属于进攻型建筑、不属于防御型建筑，而是属于功能型建筑。巢穴的功能就是保护异形虫虫卵、孵化异形虫虫卵和统一管理无主异形虫。
工兵虫衍化出来的巢穴，没有衍生地道和传送点的能力，只是一个独立的建筑，无法进入巢穴建筑体系。这种巢穴很不好用，只能有异形战士驾驶载具将虫卵运送到巢穴里，虫卵到了巢穴以后，自然会有工兵虫将这些虫卵安放到巢穴相应的地方。这样以来，会使得巢穴的效率大大降低。
异形战士们为了保证巢穴的效率，让巢穴不占用异形战士的人手，往往会在巢穴建成后第一时间进行升级，让巢穴拥有全部的能力。这些能力中，除了保护异形虫虫卵、孵化异形虫虫卵、统一管理无主异形虫三个基本功能外，还包括了运输和传送两个升级后获得的新功能。
巢穴升级后，便拥有了衍生地道的能力，这些地道会跟巢穴周围一定范围内的各类异形虫生产基地相连，也会跟同一星球上的其它巢穴相连。此外，巢穴内还有大量的传送平台、传送门、传送通道……这些传送设施的出口都在其它的巢穴里，只能进行巢穴与巢穴之间的传送。不过，巢穴与巢穴之间的传送也够用了。
异形战士们只要将兵力、资源、设备……从一个星球上的巢穴，传送到另外一个星球上的巢穴，自然能够完成兵员物资的输送。巢穴，相当于异形战士的物资输送基地，只要有巢穴的地方，异形战士就拥有源源不绝的兵员和几乎无限的物资！
巢穴升级后，会用地道连通一定地域内的全部异形虫生产基地，不论这些异形虫生产基地生产哪种异形虫。在巢穴里面，拥有大量的工兵虫负责巢穴的运行，这些工兵虫会将巢穴内的空间分门别类，用来孵化异形虫虫卵和安置无主异形虫。至于保护异形虫虫卵，巢穴是一个十分安全的环境，想要毁坏里面的异形虫虫卵，除非将整个巢穴夷为平地。
巢穴利用地道跟异形虫生产基地连通后，异形虫生产基地生产出来的异形虫虫卵，会由巢穴内的工兵虫驾驶简单的运输型载具，将这些异形虫虫卵运输到巢穴里。工兵虫将异形虫的虫卵送到巢穴后，会根据虫卵对应的异形虫种类，放到相应的地方储藏。
储藏起来的异形虫虫卵，大多都不会孵化，只是保证这些异形虫虫卵的活性。孵化异形虫的虫卵，是需要消耗资源的，如果孵化出来的无主异形虫长时间没有被异形战士带上战场，是对资源的一种浪费。
异形战士为了避免无端的浪费资源，异形虫生产基地生产的异形虫虫卵大多会储藏在巢穴里，只有少数异形虫虫卵会孵化成无主异形虫。这些无主异形虫都会沉睡在巢穴内的营养槽里，等待异形战士前来补充异形虫。