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东林党突然被抓了六个激进派，第二天一群东林党顿时哗然，就在这个时候，朱由校昭告天下的圣旨也出来了。
圣旨中澄清了李选侍虐待储君，甚至是害死皇帝生母王才人一事，并痛斥杨涟等人欺天子年幼，擅自干涉帝王家事，妄图操纵天子。同时下诏封李选侍为康太妃，正式执掌慈庆宫。毕竟是便宜老子最心爱的女人，驾崩前都明确交代大臣们要给她封皇妃的，就算是封了皇太妃，也无法威胁朱由校的地位。
群臣看到这道圣旨，又是一阵骚动。
朱由校尽管是东林党推上皇位的，但朱由校本身就是皇太子，所以身份是合法的。他此时自然可以跳出来清算东林党。历史上天启皇帝清算东林党的时候深居简出，显然不是因为不能公然清算东林党，很可能是被下了毒。
齐楚浙党则是神色兴奋，皇帝对东林党下手，对他们自然是最有利的。不过齐楚浙党相比东林党来说，要松散得多，这也是齐楚浙党为什么在朝堂上如果没有皇帝支持，就争不过东林党的原因。
杨涟等人被逮捕，向东林党开战的第一枪已经打响了。锦衣卫和东厂奔赴各省，迅速将杨涟等人的家人全部逮捕，并查抄了资产。
一番查抄下来，资产查抄了将近十万两白银，各种来历不明的资产，杨涟这些家伙，底子全都不干净，否则靠那点俸禄怎么过日子啊？
朱由校随即让人在皇家军工厂边上建了一个新监狱，然后将杨涟这些罪臣送入监狱，进行‘劳动改造’，也包括他们的家人，一律打上刺青，穿上囚服，每天在看管之下，到皇家军工厂做苦力活。
监狱暂时还比较简陋，不过已经在大兴土木了，用不了多久一个设施完备的新监狱就能建设出来。
朱由校亲自前往监狱巡视了一次，圣斗士杨涟一看到朱由校，马上指着鼻子大骂：“昏君，昏君啊！”
“哈哈！”朱由校畅快的大笑一声，对杨涟问道：“爱卿，你是不是很气啊？”
听到朱由校这句话，杨涟差点气得吐血。自从被逮捕之后，他们先是被关押在了东厂大牢内，然而东厂特务对他们根本就是审都不审，让他们连辩驳的机会都没有。很快一群家小也进来作伴了，让杨涟等人大吃一惊。
不仅自家的进来了，连他们的兄弟家小都被抓了进来。
这些亲属见到杨涟等人，不是哭得昏天地暗，就是大骂他们得罪了皇帝，以至于连累亲族。
最惨的当属左光斗，他的一个叔伯侄子被抓进来后，当场和左光斗撕逼，把左光斗摁在地上胖揍了一顿，被打得鼻青脸肿的左光斗，身体倒是无恙。朱由校见到左光斗鼻青脸肿的模样，随即吩咐道：“来人，去请个御医来给他看看，再给他安排个独立牢房，别被打死了。”
“陛下真是宅心仁厚啊！”李进忠拍了个马屁。
朱由校巡视了一圈，又把监狱看管制度修改了一番。这些罪臣的家小，上了年纪的就好好养着，不用参与劳动。其他的贬为官奴，安排去做苦力，从他们身上压榨人口红利，制度上一定程度参考了宋代的模式。
杨涟等人的家属遭到连坐，也引起了朝中巨大的议论。很快奏章就如同雨点一般送到了司礼监。
自从王安被朱由校查抄问罪之后，朱由校从内书堂提拔了两个文采不错的太监，一个当司礼监掌印，一个当司礼监秉笔。李进忠则专心负责东厂事务。
此时的司礼监，基本上已经没有什么权力了，仅限于帮皇帝处理奏折、草拟圣旨之类的。对宫内已经失去了管理权，同时也不再管理皇庄、皇店。虽然看上去处理奏折、草拟圣旨权力很大，实际上并没有什么权力。
毕竟两个没有其他权力的太监，又没人事管理权，也没有军权。他们的权力是完全依附于皇权的，朱由校随时能够把他们解雇，基本上就是相当于两个秘书。
“皇上，这上百道奏章，都是反对连坐的。”司礼监掌印太监叫李朝庆，是个四十多岁的太监，性格十分稳重。担任司礼监掌印之后，每天都会在司礼监将奏章分类，然后送到皇帝面前。