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谈判的条件虽然商量好了，但谈判代表的人选也是一个难题，虽然说这次谈判的后果，将由全体董事成员来负责，但担任谈判代表毕竟不是光荣的事情，而且最后国内问责起来，谈判代表当然是首当其冲，当然谁都不愿去拾这个烫手的山芋。
但不管你愿意不愿意，最终还是要选出代表来，最后在众董事的一致要求下，总督马特索科尓首先被确定,担任谈判的首席代表。毕竟马特索科尓是现任的巴达维亚总督，发生了这么大的事情，出了这么大的变故，国内问责起来，那怕是谈判谈成了，马特索科尔也肯定是推不掉责任的，而且现在全体董事会成员帮他扛下这次谈判的责任，那么在谈判代表方面，马特索科尔当然有义务去丢这个人。
马特索科尔也知道，这一次自己是肯定推不过去的，谁让自已是总督呢？因此也只能免为其难的答应下来。当然光有马特索科尔一个人也不行，于是后来众董事们又选出了三名代表，分别是温特、维茨格尔、奥维马斯，这三人都是十七董事会的成员。而这三人见推托不过，也只好都答应了下来。与中国谈判的代表团就这样成立了。
但在出发之前，代表团也向董事会提出了两点要求：一是在不违反刚才制定的底线条件基础上，代表团有权力自行与中国方面达成任务其他协议；二是一但代表团与中国签定了协议之后，所有责任由董事会全体成员一起负责。并且签定书面的授权协定，毕竟口说无凭，立字才能为证。
而对代表团提出的要求，荷兰东印度公司董事会也只能同意，老老实实和代表团签定了授权。得到了这一层保证，代表团这才乘船出发，赶奔文莱。舰队也出动了一艘八百吨级的战舰，但并未装配任何重型武器，以表示是为了和平而来，另外还出动了两艘五百吨级的战船护航，当然这两艘船是装配了火炮的。
――――――――分割线―――――――――分割线――――――――但就在荷兰代表团赶赴文莱，准备和中国进行谈判的时候，商毅己经提前两天，离开了文莱，返回国内。
早在与荷兰舰队开战之前，商毅就己经做出了决定，等这一战打完了之后，就转回国内。一来是现在丰臣薰己经有了身孕，商毅也不敢大意，因为这个孩子不仅是自己的亲生骨肉，同时对自己控制日本的政策，也是一个重要的因素，在国內养胎当然要比在国外好，因此尽早返回国内去，也好让丰臣薰尽早得好条件的静养；二来是这时已经是十一月底的时候，商毅离开国內也超过了半年，时间也不算短了，毕竟现在商毅不是一个方面军的将领，而是一国之主，当然不能老是呆在国外，而且眼看着新年将此，在中国人心目中，新年的最要性，是其他节日所不能其比的，因红商毅也希望能够回到国内，和后宫的后妃，孑女们一起度过这个新年。
而现在中华军在海陆两线都取得了大胜，中华军在军事上已经占据了对荷兰的绝对优势，而且在这一次战斗中，中华军的海军也得到了充份的煅炼，商毅也可以放心的回国，南洋的后续战事，也完全能交给成钢、李华梅去处理。而且这时从吕宋送来的物资、工匠人员也都到达了文莱，商毅也确定了在苏卡纳达建立港口基地，其他的事情也都进行了交待。
虽然在商毅离开文莱之前，已经从英国方面获知，荷兰东印度公司有意派出代表团，来和中国进行谈判，但这并不能阻止商毅归国的决定，因为谈判是以国家实力为基础的，现在中华军就已经在谈判桌上占据绝对的优势，因此谈判的事情，也尽可以交给成钢、李华梅去办。商毅只要把谈判的原则确定下来，也就可以放心了。其实就算商毅留在文莱，做为一国之君，也不可能亲自出席与荷兰人的谈判。不过也不排除谈判的可能，因此商毅也向成钢交待，一但谈判失败，就立刻出兵，进攻巴达维亚。
把所有的事情都进行了一番安排之后，商毅这才和亚莉桑徳拉、丰臣薰、冈萨雷斯等人，登船出发，返回国内。而英国方面，老布莱克仍然留在文莱，担任海军的顾问，而小布莱克则和商毅一起返航，回到中国，去向英国驻中国大使馆传达英国方面的命令。
随商毅一起返航的，除了商毅的御驾舰队之外，还有北洋舰队的第二分舰队，另外在战场上缴获的荷兰战舰全部都拔给南洋各舰队，补充他们损失的战舰。这样加上驻守吕宋的南洋舰队第二分舰队，中华军在南洋地区乃然保持着四支分舰队的兵力，各种战舰的总数量仍然在一百艘以上，对巴达维亚来说，还是俱有压倒性的优势。