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第一个部门就是廉政司，作用就是反贪。
反贪问题，是古今中外的一个共同难题，由其是在中国古代，由为严重，虽然历代朝廷都做过一些反贪的措施，但一直都成效不大，一方面是在反贪上过于重视惩罚的手段，而不是从制度着手，从源头控制，而更大的原因，还是在于绝大多数的皇帝对反贪的态度并不端正，不少皇帝而甚致鼓励大臣贪污，因为按照皇帝的思维，贪钱的不贪权，贪权的不贪钱。只要是不危胁到自巳的皇位，贪几个钱又算得了什么呢？因此岳飞说出了文官不爱钱，武将不怕死，天下始太平，却横遭惨祸。
但商毅当然知道贪污的严重后果和反贪的必要性，因此从举事的时侯开始，就制定了严格的财务制度和手续，以及审核制度，也比较有效的控制了贪污的现像。而现在国会、內阁、司法都有监督、调查官员贪污的权力，但过于笼统，缺少一个这样的专业的反贪部门。
于是商毅才组建了这个廉政司，当然在名议上，廉政司是是司法部下设的一个机构部门，但实际上这个部门是直接对皇帝付责的。
虽然廉政司主要的责任就是监察官员的廉洁，自律，打击和防止贪污腐败的行为，肃贪倡廉。同时也有调查、拘捕、审训的权力，但沒有判决权，这是属于法院的。当然在一定程度上，也确实可以帮助皇帝，控制国家、官员局面，如果皇帝看那一个大臣不顺眼，当然不能像过去那样直接罢免了他，哪么就可以先查他有没有经济问题。一但发现，也就可以达到目地了。
第二个部门就是皇室安全调查司。这是一个直接对皇帝付责的情报机构。
现在中华帝国有两个情报机构，一是国家安全部，一是情报局，前者的职责主要是对内，维护国家安全，保护居民，打击犯罪、恐怖行为，以及国外的情报人员；而后者的职责是对外，付责收集和分析外国的政治、经济、文化、军事、科技等方面的情报，并把情报上报给政府各部门，作为制定决策的参考。甚致包括渗透、组织和策划暗杀活动。在中华帝国统一天下的战斗中，这两个情报机构都发挥了重大的作用。
在帝国建立之后，这两个情报机构也全部都保留了下来，因为国家本质上就是一个暴力系统，需要一些付责做见不得光的事的人，因此任何一个国家都需要有情报机构存在，还一点古今中外都是一样，不过现在国家安全部和情报局，全都归属于内阁管理。
但商毅也考虑到，在目前这个时候，也有必要建立一个直接对皇帝付责的情报机构，一则是保卫皇室的安全，打击某些密谋架空、推翻皇室的野心份子，也是确实可以帮助皇室监视各大臣的动静。另一方面，也是收集、分析内国外的各方面事务情报，为皇帝参与国家的决策提供参考意见。同时也可以和国家安全部、情报局进行互相配合，情报互换等等。
尽管中华帝国实行的是君主立宪制，但毕竟现在的大环境不同于后世，在相当长的一段时间里，皇帝都不可能像后世的那些皇室那样，完全脱离国家政治，当一个真正的安乐皇帝，而是会尽量参与囯家政治，参与内阁会议，在国会提交自己的提案，并且发表自已的政治主张，因此也需要一个专门为自己收集情报、信息的部门。
不过商毅并不打箅把皇室安全调查司弄成一个变向的锦衣卫或是东厂、西厂类似的组织。因此皇室安全调查司和锦衣卫或是东厂、西厂最大的不同就于，没有逮捕权，更没有监禁权。也不能领导、指挥国家安全部和情报局的工作，从这一点来说，皇室安全调查司更像是另一时空里后世的美国中央情报，主要职责就是为皇帝的国家决策提供依据参考，也就是相当于是皇帝的情报顾问，如果是掌握到足够的证据,或需要抓捕的时候,需要向司法部门提交或申请.
实际上帝国的三个情报机构都保持了相当程度的独立性，互相不受其他机构的约束。