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其实吴三桂杀到南京的时候，正好是商家军准备撤出南京的时候，双方几乎就是前后脚，商家军放弃一处，吴三桂就占领一处，刚好打了一个时间差，因此吴三桂一直杀到钟鼓楼，这遇上了商家军的断后部队，但这时商家军的大队人马都己经撤到了金川门，正在登船。而吴三桂一面下令，向商家军发动进攻，一面派人去向阿济格报告，让他尽快发兵来支援。
商家军付责断后的是段鹏的特种兵旅里的一个团，见有清军追击上来，立刻借助房屋街道的掩护，猛烈的给了吴三桂部的人马一个迎头痛去。
因为吴三桂这次赶到南京，来得比较匆忙，部队也沒带火器，而又是初来乍到，又第一次打这种城市战，也不熟悉地形，也显得十分不适应，因此被商家军打了一个措手不及，人马伤亡十分惨重。吴三桂在进攻扬州时是见识过商家军的火力的，见商家军有所准备，而且在这种狭窄的街道中也能发挥很大的威力，也赶忙下令，命队伍都退回来，暂停进攻。
段鹏见淸军退了，也不再恋战，立刻趁着这个机会，甩开了追击的清军，带领着断后的部队向金川门撤退。而吴三桂虽然有些惊骇于商家军的城市战能力，又舍不得放弃这个追击的好机会，因此还是带领着人马，远远的跟着，希望等着商家军在撤退的过程中出错，然后再抓住机会，向商家军发动进攻。因为吴三桂知道，在战争中最困难的事情就是撤退，由其是在有追兵缀着的情况下，很容易出现慌张、混乱的现象。
但商家军的撤退非常组织，部队分成两批，轮流的掩护撤退，而且整个过程秩序井然，丝毫也不乱，结果一直撤到了金川门，开始蹬船，而在断后的部队上船的时候，其他战船上的火炮也担付起了最后的掩护任务，一直到全部士兵都登上了战船，然后扬帆而去，也根本就没有给清军留下任何的机会。
而吴三桂也只能在金川门的门楼上，眼睁睁的看着商家军的船队渐渐的远去，心里也不得不承认，商家军确实是一个可怕的对手。
直到这个时候，阿济格才带领着人马赶到了金川门，而看着己经快要消失的船队，阿济格也是如释重负一般，商家军总算是走了，这一次才算是完全占领了南京，而且正好是在北京使者到达南京的前一天，因此阿济格也不禁擦了一把冷汗，这可真的是太险了。
不过现在阿济格虽然是心有余悸，但毕竟还是渡过这个难关，因此也赶忙命令军队，全面占领南京各门，清点损失，整理皇宫，处理等等善后的事宜，准备迎接北京的使臣，同时也在开动着脑筋，想着怎么编一套词，把这一次战斗的经过胡弄过去。当然还要和吴三桂统一口径，看来今天晚上是有得忙了。
这一次南京保卫战从商家军刚刚到达南京时算起，一共经历了三十六天的时间，分为南京和南京外围两个战场进行，而在南京战场中，有三十天时间，双方都在南京城里互相对持战斗着。商毅己不足三万的兵力，拖住了清军进攻南京的十余万主力部队，不仅有力的支持了南京外围的战场，而且在城内一共歼敌二万七千余人，俘虏二千余人，而商家军自身的伤亡为四千七百二十六人，受伤一千八百一十八人。
不过在这一次的战斗中，整个南京城里最繁华热闹的中部城区，几乎被打成了一片废墟，而在这一战中死难的百姓超过了十万人以上，在战斗结束之后，最多时达到五十万人口的南京，仅仅只剩下七万多人了。
而在南京的外围战场上，商家军进行了一系列灵活大胆的战斗，六战六胜，而且在毎一战都集中优势兵力，以极小的代价，重创清军。一共歼灭清军五万四千余人，俘虏七千余人，而自身的伤亡为六千六百八十三人，伤二千三百七十二人。
这两个战场加起来，商家军歼灭俘虏的清军总数超过了九万，其中满汉旗军约占了一半以上，而自身的伤亡，仅在一万二千左右。不仅歼灭了大量清军的有生力量，也为下一步守卫浙江的战斗打下了一个很好的基调。
当然这些数据统计，是在十多天以后，才由双方分别统计出来的，但这时商毅在返回南京的船上，认真的思考着自己以后的方向，南京最终还是被清军占领，淸廷的势力，也在江南站稳了脚跟，而随着朱由崧的死亡，也使南方失了能够得到各方面都认可的共主，现在己经出现了潞王监国、鲁王监国，以后恐怕还会出现更多的监国或新君，整个南方也都陷入一片混乱的局面中。而自己再也不能够依靠历史来制定应对的方案计划。
也就是说未来的历史，将由自己来创造了。
虽然以后的一切都是未知的，但同时也充满了无限的可能。