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孔有德虽然束手就擒，但是，这并不意味着山东的叛乱便就此平息。
因为，还有一个耿仲明。
当初，他与弟弟耿仲裕以索饷为名带兵冲击皮岛总兵黄龙的官邸，将其捉住后即割去耳鼻。就在他要杀死黄龙的时候，却被前来营救的官兵将其成功解救，连耿仲裕也被捉拿处死。
事后，黄龙向崇祯请旨降罪耿仲明，多亏孙元化上疏求情，并以哗变皆因黄龙贪墨军饷为由，竭力为耿仲明开脱。最终，耿仲明得免一死，便与孔有德、李九成等人一同避祸山东，投奔了孙元化。
不料，还没过多久，孔、李二人竟再次反叛，转而攻打登州。而耿仲明亦不念旧恩，便也纠集部将中同籍辽东者一起加入了叛军的队伍，并拥立孔有德为元帅，自命为总兵官，与他一同攻城掠地，四处作乱。
孔有德虽是遭擒，但叛军的实力却受损不大，而耿仲明亦是别无退路，便将孔之部众收至麾下，继续转战其他地方。
但是，这后续的平叛之事，就不是王清印和他的“天军”需要考虑的问题了。
他们的任务，只是协守登州，打开这条通往东江地区的海上通道，以便明军从金兵的后方出击，协助正面战场破解大凌河之围。
现在，登州已然无虞，王清印当然要离开了。
而且，与他一同要走的，还有孙元化。
很显然，虽然抓住了叛军的首领，但这一场小小的胜利，却并不足以抵消孙元化所有的罪责。
只不过，接下来消灭耿仲明的任务，却是与他无关了。
原因嘛，很简单，他已不再是登莱巡抚了。
事实上，自从山东发生叛乱，朝中便有传言，说孙元化早已随孔反叛。大臣们则蜂拥而起，对他大肆攻讦，温体仁更是指责他贪渎成性，御下不严，治境无方，守土无能，非一死不足以谢国恩。
唯有周延儒念其东林一脉，多方为其告免。崇祯犹豫再三，终于还是下旨，将孙元化就地革职，锁拿问罪。
就在孙元化与王清印押着孔有德回到登州城的时候，圣旨也到了：朝廷已派出大军前来征剿平叛，命孙元化即刻交印卸任，进京述职。
其实，早在孔有德等人反叛之初，孙元化便知自己难辞其咎，亦曾多次上表辞官请罪。然而，当处分的旨意终于来临，他反倒有些难以割舍了。
既然皇上做出这样的决定，那就说明：周延儒的努力已经失败。而进京的结果，恐怕也不难预料——死罪难逃。
他并不怕死。对一个五十多岁的人来说，死亡并不是最大的恐惧。
可是，他现在还不想死。
他还有太多的心愿未了，一旦此时身死，或许那些未竟的事业，也将随之一起半途而废。
但是，纵观天下，现在还有谁能救自己？
杨天义！对了，杨天义！
毕竟，现在人人都知道，杨天义是唯一一个能够在皇上和朝中各方势力之间长袖善舞、游刃有余的人了。
以他以往的经历、如今的身份和眼下的使命，也只有他，才能帮自己逃脱厄运！而且，假如能让他意识到自己的才能和当前研发项目的巨大威力，或许，还能得到他的重用也不一定呢！
到那时，只要他肯开口为自己说情，想必要比周延儒更能打动皇上的心意。
想到这里，孙元化已是暗下决心：逃！投奔杨天义！