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山海关一片石一战，大顺军损失数万人，大将刘宗敏也负了伤，李自成下令大顺军急速撤退，由于对吴三桂的勾引清兵叛变欺诈极为痛恨，行至永平府范家店时，李自成决定将吴襄处斩，四月二十七日，李自成从德胜门入东华门，又杀吴三桂家属三十四口，唯独舍不得杀藏在宫里的陈圆圆。
大顺军败回北京以后，李自成考虑过据守北京城，可大顺军将领们都想回陕西去，丞相牛金星和原明廷一些官吏急着劝进，大将刘宗敏也说：“若不正大位，即求还关中，不可得也”。李自成决定从速登基。
二十九日上午，李自成在武英殿内即皇帝位，接受群臣的朝贺，定国号大顺，建元永昌，追尊七代祖妣为帝后，立妻高氏为皇后，但这个匆忙的即位典礼结束后，李自成立即率部西撤，李自成暂留几千大顺军守城，离京前“分付阖城人民俱各出城避难”，同时下令放火焚毁大明宫殿和各门城楼，大顺军撤退时“城中扶老携幼西奔者络绎不绝”，明朝降官如龚鼎孳、涂必泓等人也自动随大顺军西行。
多尔衮令关内兵民尽行剃发，吴三桂首先遵令，自请作前驱，率二万兵马，星夜前进直抵北京城下，却见城上掷下一颗血淋淋的首级，接连又掷下三十多颗首级，亲兵把人头一一拾给吴三桂看，拾起一瞧，正是他父母妻子的首级，吴三桂不禁捶胸大哭，后来想到不见陈圆圆首级，故此稍稍安心。
恰好清兵亦赶到北京城下，多尔衮安抚了一下吴三桂丧父亡母之痛后，与吴三桂商议了一夜，翌日黎明，多尔衮命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵火速追击西逃的大顺军，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。
五月初八日清军在庆都城东追上大顺军，大顺军被清军击败，接着清军又在真定再次获胜，大顺军抛弃甲仗无数，拥积道旁，清军、吴三桂军搬不胜搬，移不胜移，着实发了一回大财，吴三桂也在乱军之中得到了陈圆圆，这两人终于破镜重圆，而大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留下大将马重禧这一支精兵扼守固关，追击的清军于五月十二日返回北京。
五月二日，北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接，原明官吏立崇祯牌位于午门哭临，并忙备车驾仪仗出朝阳门迎接太子，不久有数万骑兵到来，臣民仰视，却是清摄政王多尔衮，正在惊愕间，清兵已大队入城，次日，故明官吏们决定改换门庭，上表劝进多尔衮为帝，劝进表虽然没有被多尔衮接受，但多尔衮看到明官吏肯忠顺清朝，于是着意笼络和留用明朝大小官僚。
他按帝礼为崇祯发丧，谥崇祯为怀安端皇帝；地方官吏归顺者晋级，抗拒者予以严惩；明宗室来归者，不夺王爵，继续享有特权；安抚百姓，废除明末三饷加派；凡投诚官吏军民皆著剃发；（是为剃发令，这自然引起了汉族人民的强烈反对，二十四日，多尔衮鉴于清统治尚未稳固，宣布收回成命，允许汉人照旧束发）继续镇压大顺军，派新封都平西王吴三桂、英亲王阿济格、豫亲王多铎率兵兼程追剿李自成、张献忠，这就使刚入关的清统治者很快取得了京畿一带官僚士绅的支持，清军在京畿直隶站稳了脚跟。
大顺军在山海关战败的消息传开以后，原大顺军控制区内的明朝官绅，认为举事的时机已到，纷纷纠集兵力发动起义，推翻当地的大顺政权，这些发动起义的官绅绝大部分是以明朝为正统的，他们旗帜大抵是“擒贼复明”。
四月二十七日，山东德州乡绅明朝御史卢世？、赵继鼎、主事程先贞、大学士谢升之弟生员谢陛发动起事，推举逃难到该地的明宗室庆藩奉国中尉、香河知县朱帅？为盟主，假称济王号召远近，山东和北直隶的许多地方官绅群起响应，不到一个月就占领了山东省德州、济南府、东昌府、青州府、临清州、武定州、高唐州、北直隶的河间府、大名府等州县。
大顺军撤入山西以后，清军停止了追击。返回北京休息整顿，所占地方不过是京师附近一带，李自成却同刘宗敏等高级文官武将率领主力继续西撤，于六月初渡过黄河返回西安，尽管他在固关留下了大将马重禧，在大同、阳和留下了制将军张天琳，在晋东南长治留下了大将刘忠，路过太原时留下姜瑄、姜有光守御，在晋西北保德留下了降将唐通，晋南临汾又有绵侯袁宗第统兵八万人屯于挂甲庄。
田承嗣是四月初四日得到北京城失陷的正式消息，于是派人通知了朱媺娖，只是没有告诉她父皇已经在煤山吊死了，本来北京城回的来探子，也没有得到崇祯皇帝死了的消息，所以算不上是对朱媺娖的欺骗。
四月初八日，田承嗣才得到崇祯皇帝已死的消息，由于朱媺娖起病倒了，田承嗣没敢这个消息告诉她，不过北京城被大顺军攻陷，锦衣卫也就不用急着北上勤王了，现在最重要是怎么才能够掌控江南半壁江山。
四月初十日，曹州红娘子传来消息：抢劫田府财物的土匪，就是刘泽清的拜弟齐威，在巨鹿被曹州锦衣卫围剿，歼灭和杀俘一千二百多人，齐威兵败不能脱身，最后只得自杀身死，锦衣卫一共取回来了一百万两银子的财物，还有三百多万两银子的财物被藏匿，或被别的土匪分走了，初三日，在巨鹿北面的韩家寨附近，遭遇大顺军刘芳亮部数万兵马，曹州锦衣卫放弃继续北上，全军向南退回了曹州府。