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当时黄帝和蚩尤在涿鹿展开一前所未有的一场大战，蚩尤身高七尺，铁头铜身刀枪不入，而且会呼风唤雨；在战场上制造迷雾，使得黄帝的部队迷失方向。有一天晚上，三更半夜大家都在睡觉的时候，忽然，轩辕丘上传来惊天动地的声音以及非常强烈的光芒，惊醒了黄帝及众人。
大家匆匆忙忙的起床，跑过去一看，原来是有一支彩虹自天空中缓缓下降，从中走出一位全身大放光明的仙女，仙女手上捧着一个长九寸阔八寸的玉匣，黄帝接过来打开一看，里面有一本天篆文册龙甲神章；黄帝根据书里面的记载，制造了指南车，终于打败了蚩尤。
龙甲神章除了记载兵器的打造方法之外，还记载了很多行军打仗调兵遣将的兵法。于是黄帝要他的宰相风后把龙甲神章演绎成兵法十三章，孤虚法十二章，奇门遁甲一千零八十局。
奇门遁甲的演绎过程中，用八卦记载方位，用十天干隐其一，配九宫记载天象及地象之交错，用八门记载人事，用九星八神记载周围的环境。有时间，有空间，充分的表现出古人宇宙观的智慧。
我们都知道人类的吉凶祸福与地球空间慨念中的方向、日出日落、月圆月缺、春去秋来、息息相关；而日出日落春去秋来是宇宙星体随着时间变化的结果；相同的空间、方向，在不同的时间里，以宇宙观来看是完全不同的。所以说奇门遁甲是宇宙宏观的学问，有时间，有空间的观念，是一种研究或揭露时空动力所表现出的超时代学问。
因为奇门遁甲是一种时空交替的磁场表现，以前封建时代皇室用以来遣兵调将出奇制胜。如今我们则用以推算出某个时间的吉方。当然，奇门遁甲产生于自然，因此，其理论功能不可能超出自然。人们如果想借用奇门达到自我**中超自然的目的，是不可能实现的。
而作为对自然的认识工具，存在一定的价值。另外，奇门遁甲用时盘来占卜推算事情更是出神入化，快速又准确。如果研究的人能够掌握其中奥秘使用起来那是神奇非凡。当然，除了以上叙述之外奇门遁甲还有很多其他用途，端看使用者巧妙不同。
按照起局方法的不同，奇门遁甲分为年家奇门，月家奇门，日家奇门，时家奇门，分家奇门等不同的形式。按照对于中五宫的处理方法，是独立出来还是寄放到其他宫中，又可以为分排宫法和飞宫法。其中，最常用的是时家奇门的排宫法。
传统的做法是：制做地，天，人，神四个圆盘，三奇六仪两副共十八个奇子。首先将两副奇子按照局的规律排布在地盘和天盘之上。然后，根据时局的变化，转动天盘，人盘，八诈神盘。最后，按照局面进行局象分析。定时干支，首先要确定占用的时辰的干支。
可以通过历书查到日干支，通过时，通过五子元遁法来起时辰的天干。区分阳遁还是阴遁。时间在冬至以后到夏至之前的，采用阳遁。夏至以后到冬至之前的，采用阴遁。通过三元来定局，每个节气都分为上，中，下三元，每元对应五天时间。根据口诀可以查到节气中每一元所对应的局数。
但是由于每个节气并不是刚好等于五天，所以会产生接气超神的问题。在接气超神的问题上，有“置闰派”和“无闰派”的争论。另外，还有研究者提倡采用“拆补法”来定三元。另外，还有茅山道士起局。
自古以来，拆补法、置闰法和茅山道士法就一直并存，并流传至今。这三种方法是目前使用率最高、流传最广的起局法。布子，确定是阳遁还是阴遁几局之后，就可以排布奇子了。第几局的意思是从第几宫开始布子，例如第一局就是从坎一宫开始布局，第九局就是从离九宫开始布局。
阳遁时采用顺布六仪，逆布三奇的方式。即顺序为：戊、己、庚、辛、壬、癸、丁、乙、丙的顺序从第一宫开始布。假如坎一宫布戊，则坤二宫布己，震三宫布庚，以些类推。
阴遁采用逆布六仪，顺布三奇的方式。例如坎一宫布戊，则离九宫布己，艮八宫布庚，以此类推。定值符值使，每十个时辰称为一旬，每一旬的第一个干支即为旬首。由数学知识可以推算出，每个旬首一定是十天干中甲开头的干支。
用事的时辰找到旬首之后，查看旬首所对应的六仪布于哪个宫中。则该宫所对应的天盘上的九星，就是“值符”星。该宫所对应的人盘上的“八门”，就是“值使”门。天盘值符转向时干，查看用事时辰的天干在地盘的哪个宫中，然后将天盘的值符星旋转对准该宫。天盘的旋转就完成了。
通过天盘的旋转，放置在天盘上的奇子也跟随一同旋转了。人盘值使转向时支，查看地支被安排在哪一宫，然人盘的值使门转向该宫。