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所以别看肖天健领兵北伐，但是对于福建一带的郑氏集团的关注却从未放松过，在他刚刚拿下南京，并且立国称帝的时候，肖天健已经开始安排大量的特情处的细作南下进入到了福建以及两广等地，开始搜集那边的情报，并且开始了暗中分化郑氏集团的力量，怕的就是郑氏集团不肯投降他大中朝，今后利用他们的海上优势力量，和大中朝作对。
现如今郑芝龙却还是在福建扶植起了一个朱家后裔，看来最起码现在郑氏集团没有打算要投顺他大中朝了，这件事就麻烦大了。
所以肖天健在得知了消息之后，一刻都没敢休息，立即将北方的事情安排了一下之后，马上便带上刘耀本的近卫第二师离开了北京城，赶往通州在那里分批坐船，顺大运河南下赶往了他的大中朝临都南京。
不过为了保证北方的军力不会因为近卫第二师南下被大幅削弱，肖天健临行之前，命令刘耀本将近卫第二师的大部分火器装备也留在了京师，移交给了罗立，用以充实北方战区的新编兵马，至于近卫第二师的装备好说，南下之后，很快便可以在南京一带重新武装起来，如此还省去了不少运输的麻烦。
对于北方战区来说，因为大中军以迅雷不及掩耳之势，迅速的击败了明朝的残余兵力，并且干净利落的干掉了南下的大批建奴军，所以令京辅之地除了个别的地方之外，没有再遭受太重的兵祸，特别是轻松拿下的京师，保存了京城内的不少原来明朝兵仗局的工坊也没有破坏，大批京城内的工匠还留在京城，这些工匠可是眼下的国宝，其中手艺高明的工匠起码有两千人以上，肖天健入京之后第一时间，便下旨厚待这些兵仗局工匠，包括管理兵仗局的一些太监也予以了保护，在京城内局势刚刚稳定下来，便下旨将京师兵仗局改为了大中北方军工厂，并且下旨拨银，开始恢复生产，原兵仗局下的工匠，每个人先发给五两银子和部分粮食，让这些工匠们安心下来，开始转而为大中朝做事。[]葬明129
同时下旨将原来各地的匠作营，全部划归于工部之下，并且将其改称为军工厂，在工部之下，成立起了一个军工部，统管各地的的军工生产，满足各地军队的需求，军队自身今后不得控制兵器生产，而是要按照兵部下设的总后勤部统一调拨，如此一来，更加强了对各地军队的控制，另一方面也理顺了各部的管理关系。
经过肖天健的调整之后，大中朝形成了军队需要武器，先是由诸军提出要求，递交给总后勤部审批，总后勤部审批之后，交给兵部列出计划，然后提交给肖天健批阅，然后交户部下拨资金，再交给工部进行生产，最后交付给总后勤部，如此一来，各地诸军想要私自扩兵，除了要接受户部的监察之外，武器也无法自行解决，这就防止了诸军大将拥兵自重，出现地方军阀的情况。
所以经过调整之后，北方的兵工生产很快便会上轨道，短时间之内，便基本上可以保证北方军队建设的需要，不再继续依靠南方各地的物资支持了，这也为今后大中朝发动辽东之战打下了坚实的基础。
除了这些事情之外，肖天健在刘泽清投降之后，还没有忘记派出了使臣，携带上了他一道密旨前往登州乘船出海，潜至朝鲜登陆，想办法暗中联络朝鲜的王公大臣，传旨给朝鲜国王，告知其大明已亡，今后中国将是大中朝来统治，令其今后不得再听命于建奴的役使，调派朝鲜兵帮助建奴侵犯大中朝，同时安抚高丽国王，大中朝在做好准备之后，便会出兵朝鲜，帮助朝鲜国王将建奴逐出朝鲜，并且对朝鲜提供保护，但是眼下如果朝鲜无法和建奴对抗的话，也需先对其虚以委蛇，尽量减少对建奴提供各种物资帮助，等候下一步大中朝的行动。
当然肖天健也没忘记那些蒙古诸部，在结束了山海关之战以后，他便立即下诏，彻底封闭张家口，停止一切对关外的互市，并且下旨抓捕了一大批这些年暗通关外建奴和蒙古人的商贾，彻底抄没其家产，并且下旨处斩了一大批私通建奴的商贾，彻底断掉对关外一切的货物交易。
但是同时肖天健又令李信和冯卫汉，在俘虏的蒙古兵将之中，挑选出一批愿意投降大中朝的蒙古族人，厚待他们，然后将他们分批派回到蒙古草原之中，去联络蒙古诸部，告知蒙古诸部，大中朝愿意跟他们和平共处，只要他们今后不再听命于建奴的调遣，不再给建奴当狗腿子，那么大中朝今后可以优待他们，在大同府一带，为他们开放互市，放开茶叶和食盐以及粮食的限制，令其以马匹、牛羊等物以易货形势，和大中朝进行交易，同时大中朝也以“公平”的价钱，来与之互通有无。
其实肖天健在到了这个时代之后，通过收集各方的情况，已经基本上了解了明末边患日重的一个潜在的原因，那就是明朝晚期的时候，错误的采取了对待北方诸部的政策，关闭互市，不许向关外输出茶叶和食盐等物，这种政策对于游牧民族来说，无疑是非常重的打击，茶叶对于他们的生活实在是太重要了，明朝停止朝他们输出茶叶，等于是要了他们的命，所以蒙古人才会大举跟着建奴袭扰大明边境，这也是深层次的原因之一。
所以肖天健这一次在攻占了大明京师，稳定住了北方形势之后，当然不会忘了朝鲜和蒙古人眼下这建奴的两大帮凶，对于这两个帮凶，肖天健短时间之内，还没有足够的力量去对付他们，所以眼下最好的办法，就是从建奴内部进行分化他们，让蒙古诸部今后不再听从建奴的使唤，充当建奴的狗腿子，另外也迫使朝鲜国王，今后不再听从建奴的使唤，从建奴的东西两面，先给建奴制造出一些麻烦，省的这两年时间，建奴在辽东又重新复振，抑或是吃饱了之后，又南下给大中朝找麻烦。
当然他之所以能这么做，最重要的原因还是他手中有足够的武力威慑，通州和山海关两战之后，大中军向建奴展示出了他们强大的战斗力，这两战下来，损失最大的还是蒙古诸部，而且通过这两场大战，也让蒙古人和朝鲜人彻底尝到了大中军的厉害，了解到了其实建奴并不算什么，别看他建奴可以欺负欺负大明王朝，但是碰上了大中朝，他们绝对没有便宜可占。
既然跟着建奴主子，已经没有便宜可占了，谁还会跟着建奴再卖命呢？更何况建奴吃了这么大的亏，跑回辽东之后，这次买卖亏空太大，又没法再南下找汉人报销，回去之后，肯定要转嫁损失，加强对蒙古诸部和朝鲜的盘剥，如此一来，肖天健相信，抛出这些诱饵之后，不管是朝鲜人还是蒙古人，都会做出正确的选择的，所以别看眼下他没空去收拾建奴，但是起码也可以让建奴这两年过不上安稳日子了。
所以说肖天健在听闻南方的事情之后，这才敢将精锐的近卫第二师从北方抽调出来，挥师南下，有了这两个月时间在北方铺垫的这些事情之后，他相信短时间之内，建奴是已经没有能力再给他大中朝填麻烦了。
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