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民国时期，军阀混战。军阀孙殿英为了筹措军费，不惜挖掘东郊皇陵。士兵在盗墓时无意中发现一具僵尸，被黄符所镇压。其中一名士兵无意中揭开符咒，僵尸随即大开杀戒。一番打斗之后，士兵死伤遗尽，只剩那名揭开符咒的士兵，在千钧一发之际，那名士兵拿起符咒重新贴在僵尸头上，得以逃脱。
士兵见僵尸身体完好，刀枪不入，觉得奇货可居。把僵尸背出墓穴藏好，然后放下墓穴断龙石，掩埋一众士兵尸体。
士兵偷出僵尸后，四处寻找买家。其中一位满清末代皇族通过僵尸身上的服饰和手上扳指，认出是历史上的廉亲王，也就是雍正的八弟。原来廉亲王并非抱病而亡，而是雍正毒杀。死后因怨气而变身僵尸，刀枪不入水火不侵。雍正无法，急招茅山派天师做法降服僵尸。可惜僵尸怨气太深，天师无法彻底消灭他，只能暂时镇压。
廉亲王被安葬在东郊皇陵，茅山弟子世代镇守。一百多年过去了，昔日辉煌的茅山派也四散而去，东郊皇陵也无茅山弟子镇守。直到孙殿英盗墓……
末代皇族用重金买下廉亲王的尸身，原来他想找到僵尸刀枪不入的秘密。于是打算运送僵尸到香港，然后去美国，想利用现代科技来达到自己的目的。他找来名满京师的茅山术传人马道长来运输僵尸，马道长带着四个弟子出发。末代皇族和那名士兵也一同上路，士兵现在是他的保镖。
一路相安无事，直到来到香港一个小镇。听闻镇上的九叔与其师弟也是茅山传人，于是前去拜访。九叔提议让僵尸多晒晒太阳，减少怨气，于是马道长撤去廉亲王棺材上的帐篷。
天有不测风云，午夜时分，突然雷雨交加。一道惊雷劈下，廉亲王被闪电劈中，法力大增，符咒也镇压不住。马道长与其四大弟子虽然努力拼杀，最后还是被僵尸所咬。皇族贝勒意图唤起廉亲王的记忆，可惜没有成功，也被咬中胳膊，原来贝勒爷的鲜血可以让廉亲王增强力量。关键时刻，士兵一把撞开僵尸，救了贝勒爷，然后两人逃回小镇九叔处。
九叔与其师弟救下贝勒爷，然后去找马道长。到时只见马道长手起刀落，砍下四位弟子的头颅。原来他们已被僵尸所咬，即将尸变。为了天下苍生，马道长只得如此。在九叔与其师弟的感叹中，马道长自杀。
贝勒爷被咬的并不严重，九叔利用糯米和黑狗血成功救过自己弟子阿星一次，如今依旧如此，救了贝勒爷。不多久，廉亲王通过气味寻找过来，大家一致对敌，想尽各种法子。而此时那名士兵突然发狂，原来他在救贝勒爷时也被僵尸所咬。
由于廉亲王先前被雷电所击中，后又吸了贝勒爷的血，法力大增。传统茅山术在他身上根本没有作用，而且僵尸刀枪不入，无论多锋利的刀剑都对他无用。众人一筹莫展之际，阿豪和阿星还有小凤想到从僵尸内部打倒他，于是喂了僵尸许多毒药，最终僵尸在体内毒发身亡。
贝勒爷身体复原之后，认识到复国梦终究是一场空，于是留在小镇生活。并改姓马，以此纪念那位舍己为人的马道长。阿豪和阿星依旧追求着小凤，只是小凤似乎喜欢上了英俊潇洒，博学多才的贝勒爷。九叔也劝解自己两位弟子，他们的命格与小凤不合，就算勉强在一起也是雾水姻缘。
阿豪与阿星一生未娶，因为九叔说过修道之人，逆天改命，自身姻缘都没有好结果。反而小凤因为学道不久，能够与贝勒爷白头到老，相濡以沫。在小镇上九叔和师弟还有两位徒弟，依然重操旧业，后来随着时代的发展，九叔的店铺变成了药材铺，只是依然帮人捉鬼赶尸，看风水墓穴。
《僵尸叔叔》的故事结束了，只是僵尸的故事还远远没有结束。接下来就是到了现代香港的《僵尸家族》的故事。
十多年过去了，中华大地局势稳定，香港百姓安居乐业。九叔的师弟因为外出捉鬼赶尸，已经十年未归，不知是死是活。九叔和阿星守着店铺过日子，阿豪出去外地干起了老本行，不过不是盗墓，而是考古。一名考古学教授重金聘请阿豪做助手，一日两人在考古时无意中发现一个山洞。