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农民起义军占领长安城历时二年又四个月，由于没有抓住战机，没有乘胜追击消灭官军有生力量，导致长安城得而复失，农民军遭受重大损失。
黄巢率军撤出关中后，经商山转战河南。883年五月，大将军孟楷率一万人为前锋，进攻蔡州（河南上蔡县、汝南县一带），蔡州节度使秦宗权派兵出城迎战，蔡州战败。
农民军攻打蔡州城，秦宗权为了保存个人势力，就献城投降了黄巢。
秦宗权早年是许州牙将，许州忠武军节度使薛能把他调到蔡州任武将，此后许州大将周岌驱逐了薛能，周岌成为许州留后。
这秦宗权也效仿周岌，带领蔡州军士驱逐了蔡州刺史，他就占据了蔡州。
当周岌被任命为许州节度使后，秦宗权也当上了蔡州刺史。再后来，杨复光上奏朝廷升蔡州为奉国军，以秦宗权为奉国军防御使。
秦宗权投降农民军后，与黄巢合兵东进，共同攻打陈州（周口市淮阳县）。
陈州是历史文化古城，相传太昊伏羲氏是中华民族人文太始祖，是三皇五帝之首，他建立的中华帝国就定都在淮阳陈城，死后葬于淮阳太昊陵。
古淮阳作为羲皇故都，是华夏文明的重要发祥地。千百年来，历代帝王亲临制祭、御制祝文多达71次，文人骚客来此赋诗更是比比皆是。
此时的陈州刺史赵犨（chōu）很有预见性，他预测到如果黄巢兵败后，很有可能会经过陈州。因而他提前做了准备，加固城池，囤积粮草，把方圆几十里之内的百姓强行迁到城里。其弟赵昶、赵翊，儿子赵麓、赵林分别带兵守卫陈州。
农民军大将孟楷率军前来，驻扎在南边的项城县，孟楷根本没把陈州放在眼里，过于轻敌。他们还没走到陈州，就遭到了陈州唐军的伏击，前锋部队全军覆没，孟楷也被俘虏，陈州刺史赵犨一不做二不休，直接杀死孟楷。
这孟楷可是黄巢的左膀右臂，是兄弟，他的死对起义军又造成重大损失。
黄巢大怒，发誓要为孟楷报仇，他把所有的人马都调集到溵水一带驻守，下令大军攻城。
陈州刺史赵犨虽然是文人，但对朝廷忠心耿耿，他也不甘示弱，直接与黄巢对抗，还几次派精兵打开城门袭扰黄巢军队，这更加引起黄巢的震怒。黄巢干脆就在陈州的北面建立行营、设立宫室，准备做长久打算。
双方经历了近百次的大小战斗，黄巢的军队在陈州周围挖五道壕沟，陈州仍然久攻不下，但黄巢并没有撤兵的打算。
在此期间，农民军为了扩大影响力、获取军需物资，还派兵袭扰河南府的许州、汝州、唐州、邓州、孟州、郑州、汴州、曹州、濮州、徐州、兖州等几十个州的地方。
唐朝廷收复长安后，各道官军开始撤回，李克用也从长安撤兵回到雁门关。很快，朝廷任命李克用为河东节度使，原河东节度使郑从谠到成都向唐僖宗复命。
883年五月十五日，郑从谠离开晋阳（太原），当时因为长安虽然被收复，但皇上还没有回京城，沿路上强盗还很多，郑从谠走到绛州时，拜见了绛州刺史唐彦谦，并在此留驻数月。直到这年冬天，他才奉诏赶赴成都，又被任命为司空、司徒。郑从谠也是朝廷的忠臣，与郑畋一样传檄征讨黄巢，农民军对他们都很忌惮，被称为“二郑”。（887年，郑从谠被罢为太子太保，回府养病，不久病逝。）