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张秀眉让手下秘密潜入村寨中，威胁那些不愿继续参与叛乱的苗民，表面上是震慑苗民不要参与攻打苗军的行列。此举无形中却将苗民推到了龚继昌他们这一边了，这些只想活命的苗民不想再与“席家军”对抗了，因为他们知道活着比什么都要强，被朝廷的军队杀掉，什么都没有了。
荆南军对那些继续与张秀眉来往的村寨绝不心慈手软，而对与“席家军”合作，维护黔东南地区稳定的苗民都网开一面，既往不咎，发放大量的稻种、耕牛，免租免税，帮助他们重建家园，龚继昌的安民策略收到了良好的效果。
以防苗军卷土重来，龚继昌派兵据守收复的村寨，保护苗民的生命财产安全，最大限度地切断张秀眉与村联系。
龚继昌以为那些苗军没有了老百姓的支持，就对雷公山地区发起了几次进攻，都被苗军给打败了。
很多陶尧苗民就参加了张秀眉和杨大六的苗军，到各个外县或外郡作战，后来清和军来得多了，他们才退到来雷山。清和军的部队越来越多，苗军的粮食越来越困难。清和军走到哪里，就烧哪里的房子。
其他郡的军队唱黑脸杀人放火，龚继昌就负责唱红脸，将那些流离失所的苗民，集合到陶尧的山上，每天给他们煮稀饭吃，一天两顿，哪知道人数越来越多，几乎要把“席家军”的军粮给吃光了。龚继昌只好从其他地方调来大批的粮食，以解决粮荒。
最可怕的是，人一多，又脏又臭，瘟疫就发生了，这种病一个传一个，死的人更多了。
为了把这些尸体拖出去，龚继昌下了悬赏令，谁把死人的尸体拖去下面的河边扔掉，就可以得到三碗米，为了活命，拖的人更多了，死尸就把河堵住了，那个场景实在是太惨了。
幸好龚继昌将三夫人冉九凤也带来了贵茅郡，组织了一支上百人的医疗救助队，才把瘟疫暂时给控制住了。
见强硬的围剿起的作用不大，还要贴老本在里面，龚继昌就只得想另外一些法子了。
苗族人历来都是耿直，你对我好，我比你更好，你对我坏，我比你更坏。又讲信用，说到做到，从来都是不含糊的。这种性格是一种优点，也是一种缺点。龚继昌决定利用这一点，活捉张秀眉与杨大六两个苗首不可。
而后龚继昌突破了天险，收复了台拱、开怀等地，执行朝廷的“擒渠犁廷扫穴”政策，对那些参与叛乱的苗寨实行军管政策，其他各路清和军会师凯里，至此清和军总人数增至8万人。各路军队集合在一块，问题就出来了，因为粮晌的供给互相争吵不休。
按照朝廷的规定，客郡作战军队的军饷应由主郡供给，因贵茅郡贫瘠，仍由客郡供给。号军失败，苗军退至清水江以南，已不能直接对陆川、荆南造成威胁，两郡的统治者便不愿出钱为贵茅郡代劳，做费力不讨好的事情。
荆南郡巡抚刘昆强调：“荆南郡自援黔以来，岁需饷银甚巨，积欠已多，荆中近日情形，尚须防维补救，自固根本”，提出荆南军拟暂缓对张秀眉的军事行动。在此以前，席启田以天热、瘟疫为由，带着一部分席家军返回了沅州，将军事付与龚继昌、唐本有等。
陆川总督吴棠提出，全部撤回陆川的军队，以月饷五万交与贵茅郡巡抚，由其自办。接着，唐炯以疫重粮竭为由，率陆川军撤至平越、瓮安一线。
清和朝廷不同意停饷撤兵之议，规定客省军队仍由客省供给军饷，但为了解决粮饷困难，允许裁汰老弱。陆川军因此军心不稳，提督陈希祥部先溃，其它各部继之，贵茅郡巡抚曾璧光以此弹劾唐炯。
清和朝廷命令贵茅提督周达武（原陆川军将领）率领本部马步勇丁五千九百余人由陆川入黔，驰赴本任，唐炯各营分别裁撤，于是贵茅与荆南、陆川的矛盾暂时解决。
各路清和军有了矛盾，这给苗军重新聚集力量创造了绝好的机会，以丹江、凯里边境的乌鸦坡为中心的根据地逐步形成，张秀眉决定凭借着有力的地形有和龚继昌决战。
由于天气太热，按照席启田临走之前的指示，进逼雷公山的精毅营将士停止了进攻，龚继昌带着一部士兵回了荆南郡。
龚继昌在和苍狼军、苗军作战的过程中，也使用过苗文传递情报，苦于不少的将士读书太少，会说不会写，没有文化素养的军队还真不好带啊！
龚继昌和祝荣楚就此事商讨了许久，最终决定用办义学、双语教学的方式，来挽救本土文化。
经过两个多月的辛勤劳动，《苗文词典》终于脱稿，龚继昌非常高兴，下令批量印刷，祝荣楚欣喜道：“词典既成，可庠序极少，何以推广苗文？”
龚继昌道：“成事在天，谋事在人。各峒寨自行建私塾，建一座书院，由我出资就可以了。”
祝荣楚道：“人手不够，师资方面咋办啊？”
龚继昌道：“汝当为教授，龚天元、余前、祝水强等为助教，待书院落成后，就可以开讲。各峒寨选聪颖德优者二人，在书院集中面授一年，学成回私塾去面授童蒙。”
祝荣楚道：“我资历浅，恐不能胜任——”
龚继昌拍拍祝荣楚的肩膀道：“汝就不要推辞了，年富力强，教授非你莫属，就这么定了。”
在龚继昌的努力下，苗文逐渐流传开来，一时间儒林县各峒寨双语教学流行起来，苗文扫盲取得了很好的效果，苗家的山歌也跟着兴盛起来。