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凌晨三点，汪淼就被大使一通电话叫到了重案组办公室。令汪淼吃惊的是，沈雨菲的丈夫魏晨也在这里，她的表情有些默然，说自己的生命正在受到威胁，事情还要从头说起。
少年时的魏成是一个极其懒散但有一些超乎常人的才能。他的数和行有着极高的敏锐度，能够凭借本能快速推倒。但像他这样的人，不懂得珍惜，他凭借数学竞赛冠军被一流大学免试录取后，就吊儿郎当的度过了自己的本科、硕士和博士，到了社会后，发现自己除了数学，什么都不会，根本混不下去。
于是，他来到了一座深山寺庙，每当睡觉时未成就，会尝试寺庙长老所说的，他在自己创造的无限空间中引入了三个球体，形成了三体宇宙。
他们在太空中进行着复杂的似乎永不重复的运动。魏成知道他找到了属于自己的空，那就是如何用数学来解决三体运动问题。于是他开始了大量的纸上计算，很快就用掉了和尚们的几十个空帐本。
可突然有一天，一位年轻女性闯入他的房间，拿着散落在地的计算。高考期间。一切的问他是不是在研究三体问题得到肯定的回答后，女人说，只要跟他下山，就可以为他创造有利的研究环境，还有机会使用巨型计算机。
魏成想，反正自己也是个闲人，也答应了下来。可偶然间未曾发现，沈玉飞跪在佛前烧香，嘴里还念念有词，佛祖保佑我主脱离苦海，态度极其虔诚。
这离奇的一幕，让魏晨忍不住喊出，你在说什么。沈宇飞没有理会他，只是丢下一句，明天早些走就离开了。这渭城带着疑惑找到长老，长老思考了一会儿，神色有些严峻。只有一个可能，他的那个主是真实存在的，长老却未曾不要跟他离开。
可第二天，魏成还是跟沈玉飞走了，沈玉飞确实兑现了他的诺言，给了他一台小型机和舒适的研究环境，还多次出国使用巨型计算机。那些日子，他衣来伸手，饭来张口，他唯一需要关心的就是三体问题的研究。可这种平静的生活就在昨天被打破了。
魏成突然接到一个男子的威胁电话，如果再不停止对三体问题的研究，就杀了他。
到了夜里，他的妻子沈玉飞又拿着枪威胁他，必须要把三体问题研究下去，否则也会杀了他。这个案子确实很诡异，于是大使一行人立刻以非法持有枪支的理由闯进了申玉飞的家。
可他们来晚一步，申玉飞刚刚重担身亡。看到这个血腥的场景，魏晨并没有震惊，反而露出了凄惨的笑容。他大概知道凶手是谁了。
未曾说起昨天下午的一件事，申玉菲在客厅里和一个男人吵架，这个男人叫潘涵。一个着名的环保主义者，从对话中大概可以得知，他们表面上是一伙的，信奉着同一个主，但实际上却是完全的敌人。
潘寒属于降临派，借助主的力量反对人类。申玉菲属于拯救派，他对三体问题的研究恰好成为了降临派的绊脚石。沈玉飞还说，让你们这些人进入组织统帅，真是瞎了眼。
大史和汪淼感觉谜团越来越大，降临派拯救派统帅。主。还会再出现些什么呢？汪淼察觉到魏晨还知道更多的事情，不明白他为什么不告诉警方为什么不屑的一笑，警方算个屁，上帝来了都没用。现在全人类已经到了，叫天天不应，叫地地不灵的地步了。