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朵颜三卫为朵颜卫兀良哈部、泰宁卫翁牛特部、福余卫乌齐叶特部等三部，居住在辽西，及大兴安岭西侧的长城沿线一带，西到宣府、北靠呼伦x贝尔草原，明初由明太祖设定后一直与明若即若离。
三部经过与蒙古部落间的联姻及历史变迁，朵颜部众分为：朵颜兀良哈部、喀喇沁一部、土默特部一部，还有一些则和翁牛特部、乌齐叶特部并入察哈尔各部中了；到明朝末年，朵颜三卫名称已消失在历史长河里。
林丹汗的突然西征，自己有成吉思汗般统一蒙古草原雄心，面对那面与通商口岸的隔离，加上躲避后金的军事压力；才打击占据了与明通商口岸朵颜兀良哈部、喀喇沁一部、土默特部各部，他没想过他的军事打击彻底将这些部落推向后金，更加强了后金的军事潜力。
他的这次行动，由于明朝救援及时，朵颜兀良哈部、喀喇沁、土默特部虽败退，与原历史相比保存了更多势力；躲过了林丹汗的兵锋后，几个部落在友好的察哈尔各小部落庇护下又回到故地附近疗伤。
这些辽西部落也害怕林丹汗的再次进攻，开始寻求新的盟友；有些部落不可避免向后金求助，这也给了后金一次整合辽西的机会。
大明使者这次来辽东各蒙古部落，除了谈了新的通商条件，也谈了一条不通商前提是不能完全倒向后金；同时也说在后金与林丹汗攻打时，大明会给予救援；至于这些部落相信多少，也只是尽人事，看天意，谁让自己的军力不够强大。
大明方面九边的剿匪到十二月底终于结束了，各部相继回营备战。
这次剿匪基本扫清直隶、山西境内的各部山贼、土匪，治安环境大好，作恶人员被送入各地矿山，浮财奖励给有功人员，粮食则分给了当地百姓。
回营总结后禁军从山海关抽调杨国柱部再次整编成：两个骑兵镇，每镇一万人；六个步兵镇，每镇一万二千人，全军为九万二千人。
编成后步兵全部装备天启六式火枪，原装备调给各边镇，但火炮缺口很大，新式火炮厂还在建设，只有优先保障两个镇，其余平分剩下火炮，直到一年后禁军才慢慢淘汰老式火炮。（详细编制看备注）
禁军主官：梁世勋为总督、朱由检为荣誉总督；卢象升、孙应元为提督；李邦国为总督查；
步兵各镇总兵：一镇卢象升、二镇孙祖寿、三镇曹文昭、四镇马世龙、五镇杨国柱、六镇杜文焕。
步兵六镇分驻：城外丰台、东小口、五里桥三处；城内龙潭、积水潭两处；步兵六镇平时驻城外，执勤住城内；每年在小汤山演练场会操。
骑一镇总兵：孙应元、骑二镇总兵：周遇吉；驻地海淀。
禁军护卫京师，以青龙为守护神；两青龙呈太极、中为金日，蓝白波纹半环绕为徽章，寓意守护京师安危；服装以绛红色为制服颜色，配双龙戏珠，蓝白波纹装饰，人称“红裳军”或“双龙军”。
禁军军旗为“双龙戏珠”，国旗稍作改动：蓝色星星行图案中，两青龙呈太极，中为金日，朱红为底；镇军旗：军旗左侧白底隶书写明各镇番号。
九边三大总督区也开始整编，编制与禁军不同，采用现装备按前军制整编，待火枪产量上来后，再进行装备整编。
蓟辽总督区：原二十一万编制，实际额度十三万，招三万兵，新编出十五万；其中步军八万，车营两万，骑兵三万；辽东镇九万、蓟镇三万、山海镇三万（东江镇没接受整编）。
宣大总督区：二十一万编制，实际额度十一万，先后补充进五万屯田兵，整编成十五万；其中步军十万，车营两万，骑兵三万；宣府镇五万、大同镇三万、昌平镇两万五千、太原镇两万、保定镇（真保）两万五千。
三边总督区：原十七万编制，实际额度八万，招了五万，整编成十四万；其中步军八万，车营两万，骑兵四万，榆林镇四万、宁夏镇三万、固原镇两万、甘肃镇三万、西安镇两万
三大总督区，蓟辽与宣大在天启七年地就逐步完成了，三边总督区因地域大、灾情重直到崇祯一年四月才完成整编。
整军特点：整顿客军、家丁，统一军饷、统一供给；开荒土改，开垦荒地、卫所改革；整合部落，打散民众，精壮入伍；严惩变乱，重罪砍头、轻罪劳教；整编余下兵全部改编成辎重营修路去了。
九边共整出四十四万大军，三十四万是军饷减半的皇庄田兵，十万募兵。
军费目前都是由内库出，由当地皇家商号代发军饷和处理军需，银作监依据上报名册核对下拨饷银，由都知监及东厂监管；两年后才逐步转交给军方的后勤机构和监管机构，为此军方还从商号和内宫抽调了些人进行培训。
为发军饷，商号总掌柜齐赞元想出个办法：花名册四份，一份存档、一份报内宫；商号拿的是代号加体征，军营拿是代号加名字。发军饷时商号和军营各拿名单，军官念姓名、士兵报编号、商号对特征无误，士兵画押拿钱到边上挂墙上的朱由检彩色半身画像前行军礼。