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朱由检在第一次时间整顿内宫及厂卫，是因为内宫及厂卫与自己生命息息相关；都在魏忠贤一人的掌控下对于君王来说太恐怖，必需改变这个状态，将权利分散。
这也是朱由检痛恨田尔耕几个锦衣卫官员的原因。
朱由检的规划里是减少宫内宦官的数量，将其控制在一个合理的范围内，是管住自己的下半身不要招太多的后宫，实在不行再招点宫女。
其次重建锦衣卫和东厂，将锦衣卫逐步打造成对外的情报部门，类似美国中央情报局；在目前情况下主要是对付内部的土司、藩王、沿海海盗等；外部主要是朝贡的西藏、吐鲁番、朝鲜、占城、琉球等国，若即若离的西域各国、日本及南洋各国，有利益冲突的蒙古各部、后金政权、葡萄牙、西班牙及缅甸等国。
东厂主要是监控各地驻军、官员及内部各势力:如白莲教、漕帮等帮会势力；云南沐家、山东孔家、东南士族等家族势力；当然也包括各地土司、藩王、沿海海盗等与锦衣卫重叠的地方。
锦衣卫机构进行了调整，内部划分为十个处，五个常设处及五个机动处：作训处、内务处、事务处、情报处、特勤处及一到五处等十处，负责宫内外仪仗划拨给龙骧四卫，龙骧四卫后被改编为殿前直军。
作训处：负责培训、考核人员；
内务处：负责内部监管及刑讯；
事务处：负责后勤物质供应、财务核算等；
情报处：负责收集各处上报情报处理、分类及归档处理；
特勤处：负责皇室及重要人员的安保工作，后安保工作被转交给新成立的殿前直军，特勤队做为明帝国隐蔽的武装力量，对付敌对势力。
一处：负责北部蒙古、后金，现内蒙、外蒙、东北及西伯利亚；
二处：负责东部朝鲜、日本及琉球等，现朝鲜、日本，后期扩到美洲；
三处：负责东南海盗、在明的外籍人员及商人等，现台湾、菲律宾等地；
四处：负责西南占城、安南、缅甸等，现云南、缅甸、老挝及越南一带；
五处：负责西北西藏、吐鲁番，现西藏、青海、新疆一带，后期扩展中亚；
以上古神兽“应龙”为守护神；应龙为原型、结合原飞鱼纹，即飞龙带羽翅，周边配以蓝白波纹半环绕为徽章，区别于以前的“飞鱼纹”，寓意锦衣卫环御四海，守卫大明；服装早期沿用飞鱼服，到后期采用黑色为制服主颜色，配以褐色应龙，蓝白波纹装饰，人称“黑衫军”，但大部分锦衣卫是身着便服混在人群里。
经费主要是自持用作掩护的物业及大内拨款支撑，财务需接受银作监监管，及银作监改造成大明皇家银行负监管；大明朝廷财政稳定后，改由内阁和皇室组成的专门委员会拨款，资金自然是国家和皇室各出一半。
锦衣卫指挥结构：设指挥使一人、指挥同知两人、指挥佥事两人、镇抚使十人，下面再是千户、百户等，官职没怎么变化；指挥同知以下官员数目随机构变化而增减。
指挥使直管特勤处及负责整个部门全面事物，两位指挥同知管其它常设四处；两位指挥佥事分管对外五处。。