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国库的收入上，也出现严重的问题。
元廷的税收种类比较复杂，南北还不一样。老实说，朝廷的税收不重，但底层百姓的负担却很高。
明初学者叶子奇说，“元朝自世祖混一之后，天下治平者六、七十年，轻刑薄赋，兵革罕用，生者有养，死者有葬，行旅万里，宿泊如家，诚所谓盛也矣! ”
明末史学家谈迁说，“宋时亩税一斗；元有天下，令田税无过亩三升……盖吴中之民，莫乐于元，莫困于明，非治有升降，田赋轻重使然也。”
明朝太常寺少卿李开先也说，“元不戍边，赋税轻而衣食足，衣食足而歌咏作。”
既然朝廷的税收不重，为什么底层百姓却不堪其苦？
这主要是因为地主的田租太重了。
大金、南宋后期，土地兼并问题就很严重了。
大元在吞并它们地盘的同时，也把这个棘手问题吞了进去。但蒙元高层对此却不重视，一直没有认真对待，去研究解决，缓和阶级矛盾。
身为一个佃农，你手上没有田地，要租地主的田种粮、种菜，自然就要向地主交田租。
这田租比朝廷的税，可重多了。
以南方为例，佃农向地主交的田租，基本上按照年平均产量的六成，甚至更多。
大元有几任皇帝，包括元惠宗在内，都曾经下诏，命令江南地主减租。
但由于政治腐败，地方官吏早已和地主富商穿上同一条裤子。这种诏令实际上落不了地，只是一纸空文而已。
在人身上，佃农也受到地主的迫害和控制。自南宋以来，地主干预佃农婚姻，奴役其子女的现象长期得不到整治。
说是佃农，其实和农奴也差不多。
不但是南方汉人佃农的生活悲惨，北方的蒙古人也是如此。
元宗大德七年，刑部就上报朝廷，说有商人“往往将蒙古人口贩入番邦博易”。从明宗起，这种贩卖蒙古人为奴的现象加剧了。而买家的主力变成了南方的大地主、大富商。
因为受到蒙古贵族的压迫，在史料中记载的蒙古人民起义，也有十多起。但他们的起义都在红巾军大爆发之前，没碰上历史的窗口期，全部被镇压下去了。
在法律上，元廷还保护地主。
比如，地主打死佃农只需杖一百零七，赔其家人五十两，就了事。
实际上，没有一个地方官吏会真的下狠手杖打地主的。所谓的杖打，它也分贫富。
还有一点，元廷赋税的征收方式有严重问题。它把赋税外包给商人。
比如，某地计划收的某项赋税是一万两白银。商人缴纳一定的保证金后，把这项收税的任务承包下来。
没有利润，商人会承包赋税吗？不可能的。
商人上缴国库的，确实是一万两白银。但他实际上收到的可能是三万两，甚至更多。这多出来的，便是商人的利润。
元朝承包税收的项目非常繁多，远远超过了宋朝，有包天下河泊、桥梁、渡口之税的，有包酒税的，等等。
这无形中又增加了底层百姓的负担。
最后一点，还有地主偷税漏税的问题。
元仁宗时代，元廷曾经试图重新丈量土地，查清漏税问题。结果遭到大地主和地方贪官的强烈抵制。
在一片反对声浪下，这场改革不了了之。
总而言之，元廷收上来的税收不多，但底下百姓却不堪其苦。这是因为地主的盘剥太重，富商从中赚差价，。
以致后来的起义军，大多以“摧富益贫”的口号，发动群众参加。
底层的农民们，每遇到青黄不接或受灾欠收之际，就只好向地主、商人们借高利贷。
一旦还不上，农民就变成佃农，佃农就变成流民。
卖妻鬻子也是平常事。
地主、富商通过勾结地方官吏，继续兼并土地，以致贫者流离转徙。
“富室有敲占王民奴使之者，动辄百千家，有多至万家者。”
贫者愈贫，富者愈富！阶级矛盾在逐渐锐化！
同时，盘剥百姓的，还有地方的贪官污吏。他们也趁着天灾，大肆侵占民田。
而大元从第三任皇帝起，就陷入无休止的内斗。每一任皇帝在位的时间都很短。
大家都在忙着拉拢大臣，争帝位，哪里有心思和时间整顿吏治。历任大元皇帝对犯法官员的惩罚都是过宽的。