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魏军攻入襄平城，立即展开了一场大屠杀。
司马懿下令，把公孙渊伪朝廷里任职的所有公卿百官全部诛杀，各级官员以及军队里的将领被杀的有2000多人，还有一部史书甚至记载，城中15岁以上的男子都被杀掉了，前后多达7000余人，杀的人实在太多，首级集中在一起堆成了一座小山，称为“京观”。
公孙渊的叔叔公孙恭仍在世，当初公孙渊把他囚禁起来，夺走了他的权位，司马懿命人把公孙恭释放。公孙渊还有个哥哥叫公孙晃，以人质的身份待在洛阳，公孙晃多次上书魏明帝说公孙渊会造反，请朝廷出兵讨伐，公孙渊败亡后魏明帝不忍将公孙晃斩于市中，下令在狱中把他杀了，廷尉高柔负责审理此案，上疏为公孙晃求情，魏明帝不允，遣使者带上金屑到狱中，命公孙晃及其妻子、儿子饮下自杀，之后赐他们棺衣殓葬。
魏明帝大概也明白公孙晃跟公孙渊不是一路人，因无罪自然不当死，但为了彻底消除公孙氏在辽东的影响，不得不斩草除根。至于公孙恭，他身体有残疾，又缺乏治国的能力，因而保住了一条命。
铲除完公孙氏的势力，辽东郡以及公孙渊原控制的附近其他各郡国重新纳入曹魏版图，仍归幽州刺史部管辖。幽州刺史毌丘俭也参加了此次战役，事后因功被晋封为安邑侯，食邑高达3900户，毌丘俭之后继续坐镇幽州。
春天出发，夏天赶到，秋天把仗打完，司马懿基本履行了对魏明帝所做的承诺。经过一段时间休整，已经到了冬天，东北地区的冬天异常寒冷，士兵们带来的衣服难以御寒，有人建议再给每人多发一件棉衣，在公孙渊的府库这样的东西多得是，但司马懿不同意：“这些是国家的财物，我无权处置。”
回师前，司马懿向魏明帝上表，请求让60岁以上的军人复员回家，涉及1000多人，同时为征战中死去的士兵发丧。大军回师到了蓟县，也就是今北京附近，遇到魏明帝派来的劳军使者，魏明帝下诏增加昆阳县为司马懿的封地，加上之前的舞阳县，司马懿的封地已经有两个县，当个县侯已算位极人臣，现在是两个县的县侯，那更是极为荣耀了。魏明帝让司马懿仍回长安镇守，可以直接回去，不必再绕道洛阳了。
司马懿继续率军回返，在半路上连续几天都做了一个奇怪的梦，在梦里魏明帝枕在他的膝上，让他看自己的脸，之后就醒了。司马懿不知道这是何寓意，但内心里肯定感到了不安。行进到一个叫白屋的地方，此地距洛阳大约400里，司马懿突然又接到了魏明帝的诏书，三天之中有五次之多，诏书都是魏明帝亲笔所书，这也相当罕见，内容是让他以最快的速度回洛阳，越快越好！
结合最近总在做的那个梦，司马懿预感到将有大事发生。当时最快的战马一日可行300里，司马懿仍嫌慢，他调来一种更快的交通工具——追锋车，这是一种很精巧的车子，由多匹战马拉着在驿道上奔驰，司马懿改乘它一夜之间竟然跑了400里，回到了洛阳。
司马懿被迎候的人直接带入宫里的嘉福殿，在这里见到了魏明帝，让司马懿吃惊的是，在他走之前还一切正常的魏明帝，此时竟然躺在一张病床上奄奄一息了！
魏明帝曹叡这一年只有36岁，正值人生壮年，但自从夏天开始他便病倒了，而且病得越来越重，宫中御医均束手无策。
寿春有个农妇，自称天神下凡，魏明帝也视其为神人，称其为“登女”，让她护佑帝室安康，有人得了病，这个女人就喂给他们喝一种“神水”，或者用这种水为他们洗疮，不少人真的好了，魏明帝在宫里为她营建了堂馆，对她优礼以待，等到魏明帝一病不起，大家让这个女人用“神水”为魏明帝治病，却不见效果，这个女人结果就被杀了。
魏明帝得的是什么病，史书没有记载，不管是哪种疾病，恐怕都与心理因素有关，长期的压抑与内敛让魏明帝的心理健康很成问题，他又是一个极为克制的人，但越是克制又越对健康不利。
魏明帝大概是在拼尽最后的力量等待司马懿的到来，君臣之间已经来不及再叙其他的话了，魏明帝颤抖着拉起司马懿的手，看着他，一字一句地对他说：“我留了一口气，就在等太尉到来。我有后事相托，现在还能相见，我死也没有遗憾了！”
说完，魏明帝叫来两个孩子，分别是齐王曹芳和秦王曹询，魏明帝指着8岁的齐王曹芳对司马懿说：“我死后，此子继大位，您要看仔细，别弄错了！”说完魏明帝又让曹芳上前，曹芳抱着司马懿的脖子，司马懿已泣不成声，颤抖着对魏明帝说：“陛下还记得先帝将陛下嘱托给老臣吗？”