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在原剧情中，要到第三部才出现了沙漠中的基地，但那时距T病毒爆发已经过去几年时间了。整个世界甚至已经进入末世了。爱丽丝就是在那个基地杀死了艾萨克的一个克隆体，解救了一大群自己的复制体。
这一次，沈毅提前安排人突击了基地。他以为不会遇见爱丽丝的复制体了。只是看到北野武传回来的画面，那一排排营养槽中一模一样的爱丽丝，沈毅还是会觉得心头发凉。他始终无法理解，保护伞那些把人当作工具用完了就在换一个新的的思想是怎么来的。所谓的法律，人伦，道德，这些东西对他们来说不存在吗？他们甚至能够面不改色的克隆自己，望着一群跟自己一模一样的脸，晚上不会做噩梦吗？
视频里传来了汤姆询问的声音。沈毅摇了摇头回复到，“尽可能的保住他们的生命，把她们救出来。另外清点所有的战利品，我很快就会到的。”
结束了与汤姆的通话，沈毅却在白幽灵那边收到了一个不怎么好的消息。白幽灵等人突破了保护伞的防线，但是保护伞的一些高层仍然成功的启动了自毁装置。虽然最后阻止了核弹的爆炸，但是基地内所有的资料都已经被清空了。
“既然这样那就清理的在干净一点吧。”沈毅冷漠的下达了新的命令。沈毅在这个世界得到的已经够多了，很有可能根本等不到他的团队破解这些技术，就要面对新的技术了。
沈毅清剿保护伞的三个秘密基地时，明面上官方的力量也在持续对保护伞施压。短短两天之内，几乎所有的保护伞的工厂全部出现了税务问题，以及贿赂，非法实验等等各种罪名。曾经遍及整个世界的保护伞公司在一夜之间落得个人人喊打的局面。无数的势力开始落井下石，并且大家都默契的没有内讧，归根结底这块蛋糕实在是太大了，大到他们所有人加起来竟然也吃不下。
随着清算的逐步进行，保护伞的全貌开始第一次完全展露在世人面前。沈毅的名下一时间竟也多出了足有十几家各类企业。这是他与各大势力之间的约定。虽然这些对他的意义不大，但是如果沈毅什么都不要恐怕那些势力才会更加警惕他。
足足花了将近半个月的时间处理这些琐事，又抽时间去了一趟沙漠中的那个基地，接受了汤姆缴获的战利品。沈毅决定去处理最后一件事，‘太阳阶梯’。
所有一切的起源，不论是T，还是G，以及维罗尼卡，或是始祖病毒，最初的起源都是‘太阳阶梯’。只是保护伞公司对于病毒的研究已经极为深入了，他们把大量的经历投入到了T与G的研究。而且最关键的一点就是，太阳阶梯有一种极为诡异的特性一旦离开它的生长地便无法继续培育。无论你如何模拟当地的自然环境，甚至是直接运来相同的水土都无法成功的在别处种植太阳阶梯。以至于沈毅始终没能找到一株‘太阳阶梯’的活体。
沈毅从保护伞的资料里查阅过大量的关于太阳阶梯的资料，只是不知沈毅的错觉还是什么总感觉所有的记载都有些模糊。有意无意的一些关键点就掩饰了过去。其中有大量的关于太阳阶梯的古代传说与记载。、
太阳阶梯起源于远古的西非地区，一个名为迪拜压的帝国。当今世界已经很难找到关于迪拜帝国的资料了，即便是保护伞花了几十年的时间也只是找到了一些零碎的壁画。根据笔壁画的记载，在迪拜亚帝国地下核心区域，有一片花坛。花坛上种植着迪拜亚的圣物--“太阳阶梯“花朵。这是一个有着剧毒物质的花朵，只有少数能够被神所认可的人才能在吃下花朵后存活。想要成为国王，吃下花朵是必然的考验。而花朵带给新国王的也将是漫长的寿命和强大的力量。千百年来，迪拜亚帝国就是依靠这种方式来选择自己的首领，并将其视为神所认可的人。
迪拜亚用这种方式甄选国王并延续了上千年，只是根据壁画显示他们最终离开了地下的聚居地，并在后来的殖民浪潮中迅速的没落了。保护伞公司找到了最后的迪拜亚人所种植的部分太阳阶梯，开启了整个保护伞帝国的序幕。然而对沈毅来说他所在乎的是最初的‘太阳阶梯’。根据保护伞的记载，他们从未找到迪拜亚最初的地下祭坛。也就是说他们并没有得到过最初的太阳阶梯。那种只要吃下花朵就能够有一定几率让人进化的神奇生物。他们所有的研究都来自于后期的弱化版本。
保护伞肯定不曾放弃过寻找祭坛，事实上在他们覆灭的前几天。保护伞的海外勘察队甚至还发来了几条有关古代迪拜亚圣坛的消息，说是找到了几个可能的埋藏点。沈毅此行的目的便是为了做一下确定。并经来都来了，如果不尝试窥视一下这个世界的最终秘密总是会给自己留下遗憾的。
经过了十几个小时的飞行，沈毅他们在南非的国际机场降落。又转乘了运输直升机，再飞十几个小时，终于抵达了目的地。运输机在西非的一处简易机场降落了。这是一个在丛林里开刻出来的空地。方圆上百米的丛林被砍掉了，清理出一片平地，勉强供直升机降落。