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然而想要完好、顺利的实行‘人类补完计划’，那么作为第一使徒的亚当就必须要控制在自己的手里才行！所以为了这一目的，SEELE开始在全世界招收有才华的科学家。EVA计划的重要参与者及设计人之一的碇唯，明日香的母亲、冬月副司令便是这个时候加入SEELE的。
同理的还有葛城美里的父亲，赤木律子的母亲等，只不过所负责的项目并不相同罢了。
而其中葛城美里的父亲，理论推倒出了s2机关存在形式的葛城博士所负责的就是亚当的胚胎化回归的内容。当然，是被隐藏和阉割过的版本，也因此。他才会稀里糊涂的将自家的女儿带到南极，并因为不知情的原因傻傻的引发了第二次冲击，葬身南极。
反到是同样知道这一计划，且还知道的很详细的碇元堂率先带着资料跑路了。直到第二次冲击过后，才重新以救援人员的身份返回南极，救下了被葛城博士拼死救下的葛城美里。
而这之后，亚当因为释放完体内积累的全部力量回归成了胚胎。被碇元堂收回。莉莉丝的身体被炸成了碎块，也被碇元堂和SEELE的人带走，只剩下朗基奴斯枪因为某些原因被滞留在了南极深海当中。
与此同时。除了亚当、莉莉丝外的全部使徒正式开始苏醒。存有亚当灵魂的诸熏诞生，并被SEELE找到。初号机被制造完成，碇唯以牺牲自己的方式把灵魂融进了利用莉莉丝的肉体复制出的初号机中，在想利用初号机的重要性阻止第三次冲击诞生的同时，作为EVA永生下去，向宇宙的其他文明或未来生物证明人类曾经存在过的痕迹。
同时也因此，碇元堂制定出了人类补完计划二号，为再见碇唯一次而努力中……
用亚当的血肉制造的其他号数的EVA被提上计划，开始制造。为此，明日香的母亲成了第二位牺牲者，被二号机吞噬了一半的灵魂，发疯。利用莉莉丝的血肉精华混合碇唯残留的LCL物质中提取的信息代码的绫波丽被制造成功，并通过早期的dummy system系统将莉莉丝的灵魂转移到了绫波丽的体内。
当然，这里的绫波丽是复数的。毕竟使徒的灵魂何等强大？可不是区区一具普通人的身体就能承受的。至于现在嘛，则因为初号机的渐渐觉醒——暴走，以及绫波丽本身的人格诞生而变得能够承受，这也是林易衍为何敢就那么销毁中*央*教条区的灵魂之间中的克隆绫波丽的主要原因。
再然后，就是使徒来袭，NERV迎战，基本大家都知道的事情了。
………
“这些……都是真的？”听完赤木律子那开诚布公的详细陈述，葛城美里脸上的表情即愤怒又悲伤，语气很是复杂的轻声追问道。
“是的，一切都是真的。”赤木律子语气平淡的确认道。
“这，怎么可能！？”明日香双目发直，表现呆滞的喃喃自语道。显然，母亲被二号机吞噬一半灵魂的事情对她冲击很大。不过想想也是，一直被当做重要工具的二号机中居然存在着自己的母亲的灵魂……
这事放谁身上在知道后都不会好受。
“谢谢你告诉我这些，律子。”片刻后，葛城美里深吸口气，闭眼轻轻说道。然后骤然睁开眼睛，眼中满是杀气的咬牙切齿道，“这样我就更应该留在这里了！SEELE那些家伙，居然敢这么利用爸爸……我是绝对不会放过他们的。”
“看来，我们要就此永别了。”赤木律子看了看葛城美里，摇头低声说道。
“如果你执意要找SEELE复仇的话。你可以联络一下加持良治，我想他应该愿意，也有能力帮助你。”一旁的林易衍暗暗叹息一声，开口说道。
“我知道了。”葛城美里沉声说道。
“这些都不是真的！你们在骗人！骗子！”然后就在这时，一直在那里喃喃自语的明日香突然歇斯底里的大叫一声，转身朝指挥室外跑了出去。
“明日香！”被吓了一跳的葛城美里叫道。紧接着迈动脚步，就要去追明日香，但是还未等她彻底行动起来，奔跑向指挥室大门的明日香便突然闷哼一声，身体软软的摔倒在了地面上。
“扑通。”
接着林易衍也没有犹豫，直接一挥手，将明日香送入了小世界之中。葛城美里见状张了张嘴，最后还是没有说出什么，默认了林易衍的行为。
“既然你要留下来，那么这里原本的工作人员就也给你留下好了，不至于让你的反抗看起来那么凄惨。”收好了明日香的林易衍转身面向葛城美里说道。
当然，这也就是这么一说，卖葛城美里人情而已。因为在林易衍原本的计划中，就没打算带走那些家伙，要能力不如大唐世界的调整者，要才能也没有像赤木律子和伊吹摩耶这种得到赤木律子开小灶的人那么惊艳。最多也就是普普通通，只是单纯带回去组装EVA的话，还不如林易衍手里的骨架机器人来的效率。最多半个小时，就能从初学者成为技术高超的熟练工。绝对完爆这里的工作人员。
至于说他们手中掌握的技术什么的，有了赤木律子和MAGI在，林易衍一点都不担心复制不出来。更何况，他的手里还有个玩生物改造技术同样不差的红后存在，推陈出新什么的一点都不是问题。
“那就多谢了。”葛城美里撇嘴道。
真想给我留班底，那你到是把MAGI留下啊！把它带走了，光留一帮人又能有多少用？再加上现在的烂摊子，到时候鬼知道还能留下多少人。然后场面静默下来，只剩下高能聚束光束切割混凝土和金属的声音在指挥室中不停的回荡着。
如此半个多小时后……
就在这时，一阵急促的警报声在NERV基地中响彻了开来。
“怎么回事？”葛城美里下意识的问道。不过一问完，就马上想起现在可不是平时，没人会向她汇报外边到底发生了什么。
“是战自，他们的进攻到了，目前正在破坏外层的隔断装甲。”林易衍伸手在虚空虚点了数下，随口回答道。顿了顿，又说道，“他们来的到是时候。”
而几乎就在林易衍话音落下的瞬间，贾维斯的声音便在他的耳边响了起来。
“先生，分拆完毕，您随时可以对MAGI进行收取了。”
“我知道了。”林易衍说道。
“什么？”葛城美里莫名其妙的问道。
“你们三个先出去，我接收一下MAGI。”林易衍道。
赤木律子微一点头，带着伊吹摩耶就出了指挥室，接着葛城美里也是一样。然后眼见平台上再无闲人的林易衍也没罗嗦，直接身形一动，飘飞到指挥高台前方与大屏幕之间用来投射三维地型图的空间当中，转过身，面向指挥平台，同样的一挥手，将整个MAGI收入了小世界之中。
而后，一个深达二十多米，最宽处也接近二十米的巨大深坑就呈现在了林易衍的眼中。下方电子火光微微闪耀，在漆黑的深坑中如同萤火虫般一闪一灭着。
“啊啊啊啊啊！”紧接着，屁股下面没了支撑的战自俘虏们惨叫一声，高速向着深坑当中坠落了下去。
不过既然已经留下他们的性命，自然也就再没有让他们摔死的道理，因此就在他们快要坠落到地面时，林易衍立刻放出空间能力包裹住战自的俘虏，将他们转运到了旁边的地面上。
“扑通！”到此算是仁至义尽的林易衍没再管他们，身形飘动，飞出了已经没有任何价值的指挥室，来到了外边的走廊中。
“我们就在这里分别吧，你带上那些工作人员想办法尽快离开这里，我再在这边帮你们拖延一下时间。”脚踏上实地的林易衍扭头看向一旁的葛城美里说道。
“好吧，那就拜托你了。”葛城美里看了看林易衍，又看了看自己的好友赤木律子，以及相熟的同事伊吹摩耶，语气中满是感慨的低声说道。